目前，日本的双层弹道导弹防御系统初步建成，该系统由“宙斯盾”海基弹道导弹防御系统和“爱国者”-3弹道导弹防御系统构成。日本正在现有的4艘“金刚”级“宙斯盾”弹道导弹防御驱逐舰基础上，增加2艘装备弹道导弹防御系统的“爱宕”级驱逐舰。目前，这两艘“爱宕”级驱逐舰“爱宕”号、“足柄”号均已服役，正计划接受弹道导弹防御能力改进。“爱宕”级是“金刚”级的改进型，与“金刚”级驱逐舰相比，最大的不同是其上面的“宙斯盾”系统升级到了“宙斯盾”基线7。与此同时，2011年以来，日、美合作研制的“标准”-3 IIA项目，该导弹有望于2018年服役，届时日本将获得对中远程甚至远程弹道导弹的防御能力。
“宙斯盾”基线7的核心是SPY-1D(V)相控阵雷达，这套系统能让战舰同时探测和跟踪1000个目标，并同时打击其中的20个目标(但在实战中可能只能做到跟踪900个，打击12个)。而且，还具备了跟踪弹道导弹的能力。“爱宕”级驱逐舰装备了2组美制MK-41型导弹垂直发射系统，包括舰艏的64组发射单元和直升机库顶部的32组发射单元。垂直发射系统是世界上最先进的舰载导弹发射装置，具有隐蔽性强、发射速度快(最高达1枚/秒)、反应时间短、可全方位攻击等优点，而这些特点对抗饱和攻击特别重要。
自2009年以来朝鲜多次试射中近程弹道导弹之后，日本防卫省认为有必要进一步升级“爱国者”-3型反导系统的部署规模。2010年，日本防卫省确定基本方针，计划将导弹防御系统中“爱国者”-3拦截导弹的部署范围扩大至日本全境的6个防空高射群。作为日本加强西南方向防御的最新一步，自卫队还将在冲绳首次部署“爱国者”-3反导系统。
据日本共同社11月27日报道，日本政府相关人士当天透露，关于政府正在研究编制的2016年度第三次补充预算案，已开始就计入导弹防御相关经费展开协调。该经费包括为应对朝鲜接连发射弹道导弹，用于提高地对空拦截导弹“爱国者-3”(PAC-3)性能的改进费用。报道称，防卫省在2017年度政府预算申请中，写入了PAC-3的改进费以及改进版PAC-3的取得费等共计1056亿日元(约合人民币65亿元)。
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