第一彩蛋，我们看到一个科学家和独眼军官进行交谈，最后出现了闪着蓝光的权仗和两个变种人，独眼军官就是Baron Strucker 是九头蛇军团的领导之一，为了给复仇者联盟2做铺垫 因为他会在里面扮演反派角色，那个权杖就是复仇者联盟1里面Tom Hiddleston扮演的Loki手里拿的心灵权杖 ，之前复仇者联盟1里“黑寡妇”把它插到仪器关闭了传唤门最后落到了神盾局里 而九头蛇的奸细已经渗透到神盾局中最后拿到了心灵权杖，具体作用可能得到复仇者联盟3里被塔诺斯Thanos用来当做无限宝石的一颗。猩红女巫的能力在电影彩蛋里貌似是可以任意移动物体或者改变他们的形状，但是在漫画里她的能力却十分Bug——就是她所认定的事情可变成事实，个人觉得没有人打得过她，不光是能力最后嫁的老公也不是一般人是个机器人(行情 研报)!
第二个彩蛋，在美国队长的展览馆里Bucky盯着自己的名字眼睛里满是疑问，个人感觉Bucky在Marvel所有的英雄里是悲情的角色，一直处于洗脑清醒再被洗脑的过程里，这次被美国队长唤醒应该算第一次的觉醒，之后还是会反复现实和梦境在他眼里可能也分辨不出来，所以远离人群做一个隐姓埋名的刺客再适合不过了。
第三个彩蛋，出自机场大战的蜘蛛侠，他在战斗中居然致敬了一部电影，在对付蚁人的时候，我们的小虫脱口而出一部电影的名字，还询问大家知不知道，他表示要利用这部电影里开头的一个桥段击败蚁人，最后果然成功了。关键是，蜘蛛侠致敬的这部电影，是迪斯尼旗下的(某个收购公司)，再联想到漫威也是迪斯尼旗下的(收购公司)，好像不同位面的宇宙冥冥中产生了点交集，真是一种奇妙的化学反应。
第四个彩蛋，其实，像黑豹、蜘蛛侠、泽莫男爵这种新角色，一出场就浑身都是彩蛋，许多台词都可查到出处。除此之外，《内战》里他们都打了漂亮的一仗(蜘蛛侠出场这几分钟比索尼的《惊奇蜘蛛侠》要有趣得多)，开了个好头，想必已经是漫威电影宇宙开疆拓土的生力军了。新角色良好的表现自然吊足观众胃口，期待他们后几年的个人电影。这次雷神和绿胖没有出现。如果雷神出现的话，会是克里斯·海姆斯沃斯与丹尼尔·布鲁赫继《极速风流》后第二次出现在同一部影片中。
漫威电影每一部都有片尾彩蛋，《美国队长3》也不例外。这次片尾有两个彩蛋，第一个是关于黑豹的，预示着黑豹会有独立电影，《黑豹》定档2018年2月16日，漫威电影之前没有在2月份上映过。第二个彩蛋出现在演职员表全部走完，提示《蜘蛛侠：归来》2017年7月7日公映，漫威为了让蜘蛛侠加入复联，可谓不遗余力地给这个人气角色打广告。
