故事发生在一个与人间平行的新世界。新世界的天空,与人间的海洋相连。他们不是人,他们是“其他人”。他们为神工作。他们的世界,处处都是神迹,人人都是神使。有人掌管风,有人掌管水,有人掌管火,有人掌管万物生长,有人掌管灵魂之生灭。
三百年后,他们寿终,化作星辰,即为永生。
椿和湫便在这里长大。椿掌管海棠花开,湫掌管秋风。椿在一次成人礼中出现意外,被一位人间少年所救,少年因为她失去生命。椿为了报答少年,开始了报恩之旅。湫为了守护椿,献出了自己的生命。
椿用自己一半的灵魂换回了少年的灵魂-- 一条小鱼,其名为鲲。椿想将其养大放回人间,却不知此行径有违天命,给自己的家乡带来了灾难。最后,还是在椿、湫和椿的爷爷奶奶帮助下,他们回到了人间。
据悉,《大鱼海棠》是一部比较虐心的影片,结局椿和湫并没有在一起。湫牺牲了自己,让椿和鲲重返人类世界相见。