巴州区是传统的中药材种植基地，具有发展中药材适宜的气候、土壤、温湿度等自然条件，农户有着传统的种植习惯和成熟的经验。传统的中药材有23种，主要中药材有金银花、皂角、虎杖、枙子、丹参、桔梗、淫羊藿、天麻、木瓜、杜仲等200多品种。但因中药材产业起步较晚，生产经营粗放，尚未实现从量的扩张向质的提升的转变，规范化、标准化、集约化种植不够。
近年来，巴州区委、区政府坚持把发展中药产业作为区域经济的重要支柱和新的增长点，深入调查中药材资源、自然环境、市场条件，编制了中药产业发展规划。并不断加大政府投入，整合涉农资金2550余万元，引导农户在区东部和北部片区规划种植金银花、皂角、虎杖、枙子、桔梗等中药材，截止2014年10月，全区已规模种植中药材3.9万亩，其中2014年新增种植面积2万亩，巴药产业取得突破性发展。