深交所修订了《深圳证券交易所交易规则(2016年修订)》(以下简称“《交易规则(2016年修订)》”)、《基金交易和申购赎回实施细则》、《债券交易实施细则》、《深圳证券交易所转融通证券出借交易实施办法(试行)》等业务规则，对交易主机接受申报时间、可以采用协议大宗交易的证券交易条件、债券协议大宗交易成交确认模式等内容进行了调整，并将于2016年5月9日起施行。
《深圳证券交易所交易规则(2016年修订)》规则新变化：
1、深交所交易主机9:25-9:30期间不再接受竞价交易申报，包括买卖申报和撤销申报，改变了原来该期间接受申报但暂时不进行处理的模式。修订后，此措施将大大减少因深沪两市交易机制的差异给投资者带来的不便;
2、由于债券回购和组合订单近十年未发生过任何协议大宗交易，缺乏市场需求，规则对此作出调整，债券质押式回购和组合订单不再采用协议大宗交易方式;
3、债券协议大宗交易实行实时成交确认和行情揭示，以提高所有公开发行债券的交易效率;
4、证券处于临时停牌期间或停牌至收市的，深交所不再接受其协议大宗交易申报和转融通出借交易申报，但可以撤销申报，解决了目前临时停牌期间，证券竞价交易与协议大宗交易、转融通出借交易处理不一致的问题。
受上述《交易规则(2016年修订)》交易主机机制调整，《深圳证券交易所证券投资基金交易和申购赎回实施细则(2016年修订)》做同步调整。
同时，《债券交易实施细则(2016年修订)》修订内容主要包括两个方面：一是协议大宗交易实时成交确认模式从公司债扩展至国债、企业债等其余公开发行债券，同时提高了债券竞价交易和协议大宗交易联动的效率，当日通过协议大宗交易方式买入的债券，与竞价交易买入的债券相同，可以通过竞价方式卖出，也可以申报作为质押券，参与质押式回购交易;二是在信息披露方面，协议大宗交易实时报价信息和成交信息的披露范围从公司债券扩展至所有公开发行债券，进一步提高市场透明度。
此外，因涉及相关技术系统改造，《债券交易实施规则(2016年修订)》第六条、第三十二条暂不适用于公司债券及可交换公司债券，适用时间由深交所另行通知。技术系统改造期间，公司债券和可交换公司债券的现券回转交易及质押入库安排，仍按深交所2012年11月29日发布的《债券交易实施细则》第二十条、第二十六条及第五十条的规定执行，当日通过大宗交易方式买入的公司债、可交换公司债，次一交易日才能通过竞价交易方式卖出或申报作为质押券。