由于国家调查组对百度最主要的商业模式：竞价排名提出严厉批评并要求整改，百度股票周一盘前即应声重挫7%。
截至收盘，百度在纳斯达克上市的股票跌4.45美元，跌幅2.56%，报169.49美元。
新浪美股特约分析人士Robert指出，华尔街对百度今年营收因此事将受到的影响是下降3%-6%的看法是比较一致的，但多位分析师也指出短期内的不确定性巨大，考虑到莆田系在百度营收中占据的比重约为17-20%，即使不计入百度很可能将问题医药推广页面全部清除，仅仅依照调查组不得超过30%的要求保守估计，百度近期内遭受的营收影响可能至少有12%。何况此事对百度的品牌和声誉影响巨大，即便维持百度股票的市销率估值倍数不变或仅略降，百度的股价就应回调至160-170美元区间，同时不能排除近期进一步下挫的可能性。
此外，对百度股票另一个不利之处是，市场的消极情绪迄今似乎还没有完全宣泄，华尔街因此事助长了对百度的强烈看空情绪，5月1日那个周末即“魏泽西事件”爆发前的一个月，百度股票的做空比例均值是39%左右，而在上周的5天，这一比率的均值跳升10个百分点至近50%，在5月4日那天更高达60%，为近几个月来仅见。
北京时间周一下午，国家网信办、国家工商总局、国家卫生计生委和北京市有关部门组成的联合调查组发布了针对百度的调查结果，调查组认为，百度搜索相关关键词竞价排名结果客观上对魏则西选择就医产生了影响，百度竞价排名机制存在付费竞价权重过高、商业推广标识不清等问题，影响了搜索结果的公正性和客观性，容易误导网民，必须立即整改。
联合调查组对百度公司提出了以下整改要求：一、立即全面清理整顿医疗类等事关人民群众生命健康安全的商业推广服务。即日起，对医疗、药品、保健品等相关商业推广活动，进行全面清理整顿，对违规信息一经发现立即下线，对未获得主管部门批准资质的医疗机构不得进行商业推广。
二、改变竞价排名机制，不能仅以给钱多少作为排位标准。立即调整相关技术系统，在2016年5月31日前，提出以信誉度为主要权重的排名算法并落实到位;对商业推广信息逐条加注醒目标识，并予以风险提示;严格限制商业推广信息比例，每页面不得超过30%。
三、建立完善先行赔付等网民权益保障机制。畅通网民监督举报渠道，提高对网民举报的受理、处置效率;对违法违规信息及侵害网民权益行为，一经发现立即终止服务;建立完善相关机制，对网民因受商业推广信息误导而造成的损失予以先行赔付。
搜索引擎是网民获取信息的重要渠道，具有很强的引导作用。国家网信办将于近期在全国开展搜索服务专项治理，加快出台《互联网信息搜索服务管理规定》，促进搜索服务管理的法治化、规范化;会同相关部门严厉打击网上传播医疗、药品、保健品等事关人民群众生命健康安全的虚假信息、虚假广告等违法违规行为。国家工商总局将加快出台《互联网广告管理暂行办法》，进一步规范互联网广告市场秩序。“魏则西事件”中涉及相关医疗机构的调查结果，由相关主管部门另行公布。
百度方面迅速回应了网信办的调查结果，表示拥护调查组的整改要求，公司将深刻反思。
百度搜索公司总裁向海龙表示，百度坚决拥护调查组的整改要求，深刻反思自身问题，绝不打一丝折扣。向海龙指出：“则西同学不幸离世，在社会上引起了巨大反响，也给百度带来极大触动，引发百度全员重新审视作为一家搜索引擎公司的责任。我们着眼的绝不仅仅是每天处理的海量信息，而更应该将每次点击都视为一次托付和信赖。百度将以这次事件为契机，全面落实整改要求。”
据介绍，百度将根据调查组的整改要求，从以下六个方面全面落实：1。 立即全面审查医疗类商业推广服务，对未获得主管部门批准资质的医疗机构坚决不予提供商业推广，同时对内容违规的医疗类推广信息(含药品、医疗器械等)及时进行下线处理。并落实军队有关规定，即日起百度停止包括各类解放军和武警部队医院在内的所有以解放军和武警部队名义进行的商业推广。
2。 对于商业推广结果，改变过去以价格为主的排序机制，改为以信誉度为主，价格为辅的排序机制;
3。 控制商业推广结果数量，对搜索结果页面特别是首页的商业推广信息数量进行严格限制，每页面商业推广信息条数所占比例不超过30%;
4。 对所有搜索结果中的商业推广信息进行醒目标识，进行有效的风险提示;
5。 加强搜索结果中的医疗内容生态建设，建立对医疗内容的评级制度，联合卫计委、中国医学科学院等机构共同提升医疗信息的质量，让网民获得准确权威的医疗信息和服务;
6。 继续提升网民权益保障机制的建设，增设10亿元保障基金，对网民因使用商业推广信息遭遇假冒、欺诈而受到的损失经核定后进行先行赔付。
百度方面介绍，在调查期间，百度公司在联合调查组监督下，已对全部医疗类(含医疗机构、医药器械、药品等)机构的资质进行了重新审核，对2518家医疗机构、1.26亿条推广信息实现了下线处理。百度将在5月31日之前，落实以上整改要求，并接受监管部门和广大网民的后续监督。