持续近一年的万科股权之争，终于来到新的阶段。据知情人士透露，宝能当初举牌万科，是希望通过万科盘活旗下问题房地产项目，甚至想借助大股东身份，让万科收购宝能的房地产项目。
在明确反对万科与深铁的重组后，万科第一大股东宝能要求召开临时股东大会，意欲全面重组万科董事会。而一旦宝能提交的方案获得通过，万科创始人王石将被迫从这家已经发展为全球最大房地产商的公司离职。
有业内人士指出，万科重组被否加上核心管理层被“血洗”，如果华润和宝能拿不出重组方案，亦或是造成整个管理团队出走，万科复牌后的股价将承受巨大的压力，中小股东恐遭受非常大的损失。
万科独董华生则表示，万科多年来的治理架构和经营团队是万科成为业界标杆企业的核心竞争力所在，人们可以讨厌和数落王石的无数失误和不是，但颠覆万科的治理结构和改变经营团队，并不符合万科公司股东们的利益。
当6月23日深夜宝能表示反对万科与深铁重组，胜利的天平便开始朝着不利于王石的方向倾斜。而在宝能与华润公开结盟的3天后，这对新盟友便向以王石为首的管理层“开刀动手”。实际上，如果不是因为双方宣布联手后恰逢周末，罢免王石等管理层的议案来的还会更早。
6 月26日晚间，万科发布公告称，收到公司股东深圳市钜盛华股份有限公司(简称“钜盛华”)及前海人寿保险股份有限公司(简称“前海人寿”)向公司发出的 “关于提请万科企业股份有限公司董事会召开2016年第二次临时股东大会的通知”。宝能系提出包括罢免王石、郁亮、乔世波等10位董事以及2位监事在内的 12项议案。
而根据万科公司章程第121条规定，股东大会在遵守有关法律、行政法规规定的前提下，可以以普通决议的方式将任何任期未满的董事罢免。而第92条又规定，股东大会作出普通决议，必须经出席股东大会的股东(包括股东代理人)所持表决权的过半数通过。
由于上述宝能系两家公司合计持有万科24.26%的股权，盟友华润集团持有万科15.29%股权，两者相加已接近40%。因此，即便是在全体股东都参与投票的情况下，宝能只要再争取到10.5%的票数，王石便肯定会被“请”出董事会。
对于罢免王石的理由，宝能方面表示，一是王石没有充分关注重组交易(引入深圳地铁)价格的公允性、合理性，以及是否有利于公司及全体股东整体利益;二是万科管理层控制董事会、监事会，越过股东自行其事，2014年推出的事业合伙人制度具体内容从未披露;事业合伙人制度不受万科正常管理体系控制，万科实质上成为内部人控制企业;三是2011年至2014年，王石游学长期脱离工作，未经股东大会批准仍获得报酬共计5000余万元。
，宝能当初举牌万科，很大一部分原因在于希望通过万科这个平台，盘活旗下问题重重的房地产项目，甚至想借助大股东身份，让万科收购宝能的房地产项目。“相比于宝能那些已然停工的项目，深铁拟注入的资产绝对称得上是‘白富美’。虽然确实尚有优化空间，但整体上问题不大，毕竟新旧股东的利益都要照顾，华润也是赞同双方合作，只是对支付方式有异议。而宝能以此作为罢免王石的最重要理由，多少有些牵强。”
对于万科被指实质上成为内部人控制的企业，多位业内人士指出，“万科的治理架构和股权结构确实比较特殊，一直由管理层控制公司的发展战略和日常经营，但正是这些内部人，让万科在 30年里成长为全球最大的房地产企业，分红比例和金额在A股中也是名列前茅，而一些资源更有优势的公司，显然并没有比万科发展的好。而作为一家多年来始终是业内和上市公司治理典范的公司，如今被指责‘内部人控制’实在是非常讽刺的一件事。”