住房公积金个人所得税计算存在认识上的误区，对个人在规定标准以内实际缴存额个人所得税前扣除一般无疑义，但对单位在规定标准以内实际缴存额个人所得税前扣除有人存有异议。如何理解住房公积金个人所得税前“分别”扣除的规定呢?
明确“分别”扣除的规定
《财政部、国家税务总局关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税〔2006〕10号)中明确：“单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。”其中提到“分别”扣除的问题，从字面上看，笔者理解单位在不超过12%的幅度内实际缴存额允许在个人所得税前扣除，同样个人在不超过12%的幅度内实际缴存额也允许在个人所得税前扣除。
核算及解缴殊途同归
《住房公积金管理条例》第三条规定：“职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。”其中，职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴，其表现形式由工资性收入转变为住房公积金累积余额，而职工所在单位为职工缴存的住房公积金无疑也体现为职工住房公积金累积余额，众所周知，这两者之和每月都在个人住房公积金账户上得到了明确的集中反应。它们的关系是：
职工个人缴存、个人账户当月增加额、所在单位缴存。
从会计核算上来看，也是如此。计提及代扣时会计分录：
借：管理费用等
贷：应付职工薪酬——职工公积金(单位承担)
借：应付职工薪酬——工资
贷：其他应付款——代扣公积金(个人承担)。
解缴时会计分录：
借：应付职工薪酬——职工公积金(单位承担)
其他应付款——代扣公积金(个人承担)
贷：银行存款。
它们的关系是：应付职工薪酬——职工公积金(单位承担)
个人账户当月增加额：应付职工薪酬——代扣公积金(个人承担)
如何理解“分别”扣除
通过上面的分析，本文通过实例说明如何“分别”扣除实际缴存的住房公积金及如何准确计算代扣个人所得税。
例1：某单位某职工上年平均月工资10000元，假设当月应发工资为11000元，单位按照12%分别缴存住房公积金各1200元，计算单位应代扣个人所得税。
应纳个人所得税=(11000+1200-1200-1200-3500)×20%=1260(元)
在这里，括号里的“+1200”为单位为职工缴存的住房公积金，第一个“-1200”为单位为职工缴存的住房公积金的扣除数，第二个“-1200”为职工个人缴存的住房公积金的扣除数，“分别”扣除政策规定在这里一目了然。
例2：某单位某职工上年平均月工资10000元，假设当月应发工资为11000元，单位按照18%分别缴存住房公积金各1800元，计算单位应代扣个人所得税。
应纳个人所得税=(11000+1800-1200-1200-3500)×20%=1380(元)
在这里，括号里的“+1800”为单位为职工缴存的住房公积金，第一个“-1200”为单位为职工缴存的住房公积金的扣除数，第二个“-1200”为职工个人缴存的住房公积金的扣除数，“分别”扣除在这里体现了“单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税”的规定精神。
通过上面的这两个实例，我们对财税〔2006〕10号文件中的“分别”扣除规定应该有了一个比较清楚的认识。