近年来，随着经济的快速发展，科技的不断进步，巴中的电子商务也得到了较快发展，但在促进农产品销售中也存在一些不可忽视的问题。
1、传统观念掣肘。巴中企业对电子商务应用的重要性、紧迫性认识不足，普遍存在信息管理水平低、信息机构不健全、信息化建设投入不足的问题，不少企业主认为电子商务离自己很遥远，对于巴中发展电子商务持观望、怀疑态度。据电商企业反映，企业普遍对发展电子商务认识不够，通过电子商务拓展业务的意愿不强，即使提供免费服务，不少企业也无动于衷。如巴中打造的综合性农产品区域公用品牌“巴食巴适”为农特产品进行集中推广、宣传、展示，但农特产品生产、加工企业却不愿介入，“巴食巴适”不得不现金购入样品，大大增加了经营成本。
2、市场竞争乏力。利用电子商务平台销售农产品，销售面更广、竞争更加充分，但目前巴中网上销售的农产品质量还不够优、竞争力不强。一是产品价格没有竞争力，网络销售竞争激烈，讲究薄利多销，但巴中的农产品定价普遍偏高，没有价格优势;二是质量认证困难，近年食品安全成为社会各界广泛关注的焦点，这对农产品质量提出了更高要求，但目前部分农特产品质量认证追溯困难，无法核实;三是服务质量不优，由于当前农产品销售量还较小，为企业带来的收益有限，尽管一些消费者反馈了好的意见建议，企业并未引起重视，据调查，约50%的产品销售后没有回头客。
3、品牌知名度低。巴中是农业大市，有着丰富的农特产品资源，但品牌的知名度还不够高、影响力不够强。主要有以下原因：一是巴中农特产品加工、销售企业各自为阵，没有形成宣传合力，品牌繁多、知名度不高;二是巴中电子商务发展起步较晚，品牌还处于前期宣传推广期，品牌效应暂未显现;三是利用网络进行产品宣传推广投入大，据“老廖家”、“钻山甲”负责人介绍，其网站推广费用有时一月就得几十万，而要想扩大宣传效果投入将更大。
4、物流成本偏高。巴中地处秦巴山区腹地，运输方式较为单一、配套设施尚不完善、物流管理水平较低，使得物流成本偏高，从而制约电子商务发展。本次调查中，75%的受访者认为当前农产品电子商务存在的主要问题是“本地农村物流配送体系不健全”，80%的认为“物流成本高”。据老廖家电商部负责人介绍，当前通过电商销售农特产品的物流成本占销售总额的6%左右，而零售商品的物流成本是成都等物流发达地区的3倍左右，故企业在发展电子商务更加侧重于批量销售。
5、指导扶持不够。调查发现，大多数商家认为发展地方电子商务平台、打造农产品知名品牌对于带动地方产业经济发展、提升地区知名度和影响力意义重大，不能仅仅是企业行为，更需要政府主导扶持，努力提升产品的知名度，打造农产品知名品牌。调查中，50%的商家认为当前农产品电子商务存在的主要问题是“缺乏政府相应扶持”。商家反映，当前政府对于发展涉农电子商务指导扶持力度尚显不足，对企业的宣传引导有待更加深入、对电商的政策资金扶持有待进一步加强。
