随着医疗服务需求的进一步释放，医疗费用支出一路增长，医保基金压力越来越大。
人社部公布的《2014年度人力资源和社会保障事业发展统计公报》显示，2014年全年城镇基本医疗保险基金总收入9687亿元，支出8134亿元，分别比上年增长17.4%和19.6%，尽管收仍然大于支，但收入增幅明显低于支出增幅。
事实上，基金收入增长速度低于支出增长速度的倾向早已显现。2012年，城镇基本医疗保险基金总收入6939亿元，支出5544亿元，分别比上年增长25.3%和25.1%，两者基本持平。至2013年，城镇基本医疗保险基金总收入8248亿元，支出6801亿元，分别比上年增长18.9%和22.7%，收入增幅开始低于支出增幅。
人社部社会保障研究所所长金维刚此前曾介绍说，从2013年的情况来看，全国有225个统筹地区的城镇职工医保资金出现收不抵支的情况，占全国城镇职工统筹地区的32%，其中22个统筹地区将历年累计结余全部花完。在城镇居民医保方面，2013年全国有108个统筹地区出现收不抵支的情况，医保资金已经不堪重负，而且现在各项医疗保险基金支出增长率均超过收入增长率。
2011年，广州城镇居民基本医疗保险资金缺口已达近两亿元。据《北京日报》报道，北京市基本医疗保险基金，2014年收入682.7亿元、支出648.36亿元，结余34.34亿元，滚存结余227.06亿元。城镇职工医保基金必须要有适当的结余，合理的结余月数为6到9个月。按6个月累计结余计算，本市基本医保基金累计结余至少应达到324.18亿元，现在还有近100亿元的缺口。而部分省份如吉林省，2013年新农合资金的使用率占全年筹资额的近100%，当期几乎没有结余。
社科院发布的《“十三五”中国社会保障发展思路与政策建议》显示，从长远看职工医保基金潜伏着严重的支付危机，全国多数地区的职工医保基金将在2020年前后出现基金缺口。
